Antes en MySQL el mecanismo de almacenamiento predeterminado esta MyISAM,  hasta que cambio a INNODB. ¿Cual es mejor? ¿Debería migrar mis bases de datos a INNODB? a la primera pregunta diría que es bastante mejor INNODB y si deberíamos o no migrar las bases de datos, pues en casos será conveniente y en otros no, pero si creamos bases de datos desde cero es conveniente establecer el mecanismo como INNODB.

Como cambiar de MyISAM a INNODB

ALTER TABLE nombre_tabla ENGINE=INNODB;

No existe un comando que nos permita cambiar todas las tablas de una base de datos de MyISAM a INNODB, y para hacerlo tenemos que cambiar una a una.

Para facilitar las cosas siempre podemos crearnos un script que acceda a nuestra base de datos, tenga permisos ALTER y hacerlo todo de una vez.

He desarrollado un script en PHP que lo hace

Mas información: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/converting-tables-to-innodb.html http://es.wikipedia.org/wiki/InnoDB