Una de las novedades que trajo la versión 5.3 de PHP fue la de soportar ficheros INI, al estilo .htaccess a nivel de directorios, siempre y cuando lo tengamos configurado el SERVER API como CGI/FastCGI.

Esto quiere decir que, al igual que podemos especificar con .htaccess propiedades en cada directorio, podemos hacerlo con PHP a nivel de directorio o a nivel de raíz del sitio. Por ejemplo, si tenemos nuestra web en un hosting externo lo mas normal es que no podamos cambiar propiedades en el php.ini, pues bien, lo que si podemos hacer es crear nuestro fichero .user.ini y especificar esas propiedades en ese fichero, pero no todas, solo se reconocerán las configuraciones que tengan los modos PHP_INI_PERDIR y PHP_INI_USER.

Mas Información http://www.php.net/manual/es/configuration.file.per-user.php