Aqui una aproximacion a los archivos mas importantes–>

http://yoast.com/wordpress-theme-anatomy/

Si eliminamos  el footer.php de la plantilla que pasa!? –>

Hay una jerarquia de lo que se carga en caso de que no encuentre el archivo, por si al instalar algo os encontrais que se carga algo que no toca

http://digwp.com/2010/09/wordpress-3-template-hierarchy/